Alfredo Bernardini syntyi Roomassa vuonna 1961. Vuonna 1981 hän muutti Hollantiin syventämään barokkioboen ja vanhan musiikin taitojaan, opiskellen muun muassa Bruce Haynesin ja Ku Ebbingen johdolla. Vuonna 1985 hänestä tuli jäsen vastaperustettuun Euroopan unionin barokkiorkesteriin, ja vuonna 1987 hän sai solistidiplominsa Ajan kuninkaallisesta konservatoriosta. Hän on esiintynyt lukuisissa konserteissa ympäri Eurooppaa, Yhdysvalloissa, Japanissa, Kiinassa, Israelissa, Egyptissä, Etelä-Amerikassa ja Australiassa, joko jäsenenä tai vierailevana solistina arvostetuissa barokkiorkestereissa, kuten Hesperion XX, Le Concert des Nations, La Petite Bande, Das Freiburger Barockorchester, The English Concert, Bach Collegium Japan ja The Amsterdam Baroque Orchestra.
Vuonna 1989 hän perusti veljiensä Paolon ja Alberto Grazzin kanssa yhtyeen Zefiro, jossa puhallinsoittimilla on keskeinen rooli. Hän on osallistunut noin sataan levytykseen, joista yksi, Vivaldin oboekonserttojen CD, palkittiin Cannesin Classic Award -palkinnolla vuonna 1995. Vuonna 1999 hän johti Zefiroa belgialaisessa dokumenttielokuvassa, joka keskittyi Antonio Vivaldiin. Zefiron johtamisen lisäksi Bernardini on toiminut vierailevana kapellimestarina barokkiorkestereissa Italiassa, Espanjassa, Ranskassa, Portugalissa, Itävallassa, Saksassa, Hollannissa, Puolassa, Tanskassa, Norjassa, Ruotsissa, Israelissa, Australiassa, Kanadassa sekä Euroopan unionin barokkiorkesterissa.
Hänen tutkimuksiaan puhallinsoittimien historiasta on julkaistu useissa kansainvälisissä erikoislehdissä. Vuodesta 1992 lähtien hän on opettanut Amsterdamin konservatoriossa, ja vuosina 2002–2007 Escola Superior de Musica de Catalunyassa. Hän toimii myös vierailevana professorina useissa muissa konservatorioissa ja kesäkursseilla Italiassa, Ranskassa, Espanjassa, Portugalissa, Saksassa, Itävallassa, Israelissa, Yhdysvalloissa ja muissa maissa.